Program Dana Desa ditujukan untuk meningkatkan pertumbuhan dan pemerataan pembangunan. Dalam pelaksanaannya, ada beberapa masalah yang kemudian mengemuka. Beberapa kasus menunjukkan adanya ketidaktepatan sasaran, tidak jelasnya pertanggungjawaban dan perubahan relasi sosial politik yang tidak sesuai dengan yang diharapkan.