Pengembangan pesantren secara khusus telah pula menjadi salah satu target pengembangan ekonomi syariah mengingat perannya yang juga cukup strategis. Dalam implementasinya, Bank Indonesia bekerjasama dengan Kementerian Agama telah sepakat untuk menyatukan langkah dalam berbagai program pengembangan pesantren, termasuk didalamnya program peningkatan kemandirian ekonomi pesantren yang pada akhirnya akan memberikan kemampuan bukan hanya dalam aspek ekonomi akan tetapi juga dalam hal penciptaan insan-insan yang memiliki akhlak yang baik dan juga andal dalam aspek ekonomi.
